ก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. 2511 โดยมี ดร.สละ ทศานนท์ เป็นอธิบดีกรมการข้าว โดยกรมการข้าวได้แต่งตั้งคณะกรรมการจากกรมการข้าวและจากจังหวัดอุบลราชธานี ดำเนินการจัดซื้อที่ดินจากราษฎรเจ้าของที่ดิน จำนวน 21 ราย รวมทั้งหมด 484 ไร่ เมื่อจัดซื้อเรียบร้อยแล้ว กรมการข้าวจึงได้แต่งตั้ง นายสุขี ศรไชย หัวหน้าสถานีทดลองข้าวสกลนคร มาทำหน้าที่หัวหน้าสถานีทดลองอุบลราชธานี สังกัดกองบำรุงพันธุ์ กรมการข้าว ตามคำสั่งกรมการข้าวที่ 176/2512 ลงวันที่ 6 มิถุนายน 2512

        ต่อมาเมื่อ พ.ศ. 2515 ได้มีการรวมกรมการข้าวและกรมกสิกรรมเข้าด้วยกัน ตั้งเป็นกรมวิชาการเกษตร สถานีทดลองอุบลราชธานี ได้เปลี่ยนชื่อเป็นสถานีทดลองข้าวอุบลราชธานี สังกัดกองการข้าว กรมวิชาการเกษตร โดยมี นายสุขี ศรไชย เป็นหัวหน้าสถานีทดลองข้าวอุบลราชธานี ใน พ.ศ. 2525 ได้มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมวิชาการเกษตร กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ โดยมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 30 เมษายน 2525 สถานีทดลองข้าวอุบลราชธานีจึงได้สังกัดสถาบันวิจัยข้าว กรมวิชาการเกษตร และต่อมาเมื่อ พ.ศ. 2527 สถานีทดลองข้าวอุบลราชธานี ได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นศูนย์วิจัยข้าวอุบลราชธานี สังกัดสถาบันวิจัยข้าว กรมวิชาการเกษตร โดยมี นายจำรัส โปร่งศิริวัฒนา เป็นผู้อำนวยการศูนย์วิจัยข้าวอุบลราชธานี ศูนย์วิจัยข้าวอุบลราชธานีมีบทบาทหน้าที่รับผิดชอบงานวิจัยเรื่องข้าวและธัญพืชเมืองหนาวในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ 17 จังหวัด มีสถานีทดลองข้าวในเครือข่าย 4 แห่ง ได้แก่ 1) สถานีทดลองข้าวขอนแก่น อำเภอเมือง จังหวัดขอนแก่น 2) สถานีทดลองข้าวชุมแพ อำเภอชุมแพ จังหวัดขอนแก่น 3) สถานีทดลองข้าวพิมาย อำเภอพิมาย จังหวัดนครราชสีมา และ 4) สถานีทดลองข้าวสกลนคร อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร ต่อมา ใน พ.ศ. 2534 ได้มีการจัดตั้งสถานีทดลองข้าวและธัญพืชเมืองหนาวโพนพิสัย อำเภอโพนพิสัย จังหวัดหนองคาย เป็นสถานีเครือข่ายแห่งที่ 5 ในพ.ศ. 2546 รัฐบาลมีการปฏิรูประบบราชการ ปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม ทำให้ศูนย์วิจัยข้าวอุบลราชธานีไม่มีสถานีทดลองในเครือข่ายและสังกัดสำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตร เขตที่ 4

         ต่อมาเมื่อวันที่ 15 มีนาคม 2549 มีประกาศในราชกิจจานุเบกษา ว่าด้วยการปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม จัดตั้งกรมการข้าว ให้มีฐานะเป็นส่วนราชการระดับกรม สังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ศูนย์วิจัยข้าวอุบลราชธานี จึงได้สังกัดสำนักวิจัยและพัฒนาข้าว กรมการข้าว หลังจากนั้นใน พ.ศ. 2558 ได้มีการปรับปรุงหน่วยงานจากสำนักวิจัยและพัฒนาข้าว เป็น กองวิจัยและพัฒนาข้าว ศูนย์วิจัยข้าวอุบลราชธานี จึงได้สังกัดกองวิจัยและพัฒนาข้าว กรมการข้าว จนถึงปัจจุบัน

การเปลี่ยนแปลงสังกัดของศูนย์วิจัยข้าวอุบลราชธานี จากอดีต-ปัจจุบัน